Управление школой осуществляется в соответствии с Законом Российской Федерации «Об образовании» и Типовым положением об общеобразовательном учреждении в Российской Федерации, Положением о Верхнечирской ООШ филиале МБОУ «Боковская СОШ имени Я.П.Теличенко» Боковского района,  на принципах демократии, гуманизма, общедоступности, приоритета общечеловеческих ценностей, жизни и здоровья человека, гражданственности, свободного развития личности, автономности и светского характера образования. Модель выстроена в соответствии с принципами построения организационных структур в управлении:
принцип оптимальной звенности, требующий создавать минимально необходимое число ступеней (уровней управления), которое определяется объективной необходимостью для обеспечения оперативности, гибкости и экономности расходования сил;
принцип оптимального объема управления, обеспечивающий эффективное управление без перегрузки всех объектов внутришкольного управления;
принцип соразмерности прав, обязанностей ответственности, который предполагает их единство, оптимальное сочетание и соотношение.
Управление школой осуществляется также на основе сочетания принципов самоуправления коллектива и единоначалия.
В основу положена пятиуровневая структура управления.
            Первый уровень структуры – уровень директора (по содержанию – это уровень стратегического управления). Первый уровень — директор – воплощает единоначалие и несущий персональную ответственность за все, что делается в школе всеми субъектами управления. Директор школы определяет совместно с Управляющим советом школы стратегию развития школы, представляет её интересы в государственных и общественных инстанциях. Директор школы несет персональную юридическую ответственность за организацию жизнедеятельности школы, создает благоприятные условия для развития школы. 
Управление филиалом осуществляет заведующий Верхнечирской ООШ филиалом МБОУ «Боковская СОШ имени Я.П.Теличенко» Боковского района на основании доверенности №1 от 12.01.2016г.
             На втором уровне структуры (по содержанию – это тоже уровень стратегического управления) функционируют традиционные субъекты управления: педагогический совет, родительский комитет, общешкольное родительское собрание,  общее собрание трудового коллектива. Субъекты управления этого уровня обеспечивают единство управляющей системы в целом, определяют стратегическое направление развития школы, всех ее подразделений.
            Третий уровень структуры управления (по содержанию – это уровень тактического управления) представлен методическим советом. Методический совет – коллегиальный совещательный орган, в состав которого входят руководители школьных МО. Самодеятельные общественные органы, объединенные на добровольных началах, участвуют в соуправлении и самоуправлении (методический совет, МО), таким образом, директор обеспечивает осуществление опосредованного руководства школьной системой в соответствии с заданными целями, программой и ожидаемыми результатами, добивается тем самым тактического воплощения стратегических целей и задач и прогнозов.
          Четвертый уровень организационной структуры управления – уровень учителей, функциональных служб (по содержанию – это уровень оперативного управления), структурных подразделений школы. Учителя, классные руководители и т.д. выполняют организационно-управленческие функции, взаимодействуя с органами общественного управления и самоуправления (методическое объединение, родительский комитет).  
           Пятый уровень организационной структуры – уровень учащихся. По содержанию – это тоже уровень оперативного управления, но из-за особой специфичности субъектов, этот уровень скорее можно назвать уровнем «сомоуправления». Иерархические связи по отношению к субъектам пятого уровня предполагают курирование, помощь, педагогическое руководство.
           Таким образом, в структуре управления на каждом уровне представлены, как профессиональные руководители, так и различные общественные субъекты, что обеспечивает введение в управлении школой общественно – составляющей, способствуя демократизации и оптимизации управления.